Pada tahun 1990 Waruna dimulai sebagai bisnis galangan kapal. Pada tahun-tahun awal, galangan kapal ini sebagian besar dikenal dan diandalkan untuk layanan perbaikan kapal. Pada akhirnya, galangan kapal ini berkembang menjadi layanan pembuatan kapal untuk negara-negara di seluruh wilayah. Setelah beberapa tahun kemudian, dalam upaya untuk memenuhi kebutuhan pelanggan, Waruna menambah segmen bisnisnya dengan menggabungkan layanan pelayaran yang lengkap. 

Pada tahun 1995, Waruna mengambil alih kepemilikan Harbour Tug yang kemudian diperluas menjadi Tanker. Pada tahun 1996 Waruna kemudian mulai melayani pelanggan dengan kapal tanker kecil pertamanya. 

Pada tahun 1998 Waruna meluncurkan Galangan pertama dengan kapasitas hingga 7.000 DWT yang kemudian diikuti oleh galangan 2 dan 3. Dermaga yang lebih besar ditambahkan empat tahun kemudian pada tahun 2002.

Fasilitas dermaga diperbesar lagi menjadi dermaga kering kelima dan keenam yang selesai dibangun pada tahun 2008

Pada tahun 2009 Kapal tanker besar pertama mulai beroperasi dan menjadi fokus utama bisnis Waruna Group.

Setelah tahun 2010, bisnis Waruna Group berkembang dan merambah ke layanan kapal tunda dan tongkang, serta kapal curah pada tahun 2015.

Waruna Shipyard terus meningkatkan pelayanan dan berkembang pesat. Peningkatan tersebut dibuktikan dengan mendapatkan ISO 9001 2008.

Waruna Grup terus meningkatkan bisnis dengan memulai operasi kapal tanker LPG untuk pertama kalinya di tahun 2019. Selain itu, pada tahun 2019 kami juga meluncurkan galanagan kering baru yang dapat menampung hingga 120.000 DWT. Hal ini menjadi salah satu pencapaian terbesar kami hingga saat ini.

Waruna terus bertransformasi dan berevolusi untuk beradaptasi dengan model bisnis baru dan persyaratan regulasi dalam industri pelayaran maritim yang kompetitif. Kami berusaha keras untuk memastikan tata kelola perusahaan yang baik, mengembangkan tim kami lebih lanjut, menjaga kapal kami dalam kondisi prima, dan meningkatkan proses dan kinerja internal kami. Kami terus mendorong diri kami sendiri untuk menilai sistem manajemen keselamatan kami sendiri untuk memastikan standar tertinggi untuk keselamatan tim.